克拉克从1987年的8月至1989年的1月间担任资源保护部的部长。她从1987年的8月至1989年的8月是房屋部部长。她在1989年的1月成为了卫生部部长，并在同年8月成为劳工部部长和国家副总理。她主持了社会平等委员会，同时是内阁政策委员会的成员、内阁行政委员会的成员、内阁经济发展和雇佣委员会的成员、内阁支出复查委员会的成员，内阁国家机关委员会的成员，内阁荣誉颁发和旅行委员会成员和内阁国内及国外安全委员会的成员。

　　从1990年的10月到1993年的12月间，克拉克是反对党的领导助理，卫生部和劳工部的反对党发言人，并且是社会服务特选委员会和劳工特选委员会的成员。克拉克在1993年12月1日成为了反对党的领导人。

　　　国家总理

　　当纽西兰劳工党在1999年的大举中成为执政党后，克拉克也成为新西兰的第二个女性总理和第一个在一次选举中就赢得执政权的女人。前一任女总理，珍妮·史普莉是在中期党内领导权之争后获得执政权的。

　　在2005年的大选之前，克拉克同时也是国家总理、艺术、文化和历史遗产部的部长，并对新西兰安全情报服务及各国家部门服务负责。她的职权范围包括了社会政策和国际事务。

　　作为劳工党的领导人，她成功与联盟党这一少数党派联合组成了政府（1999年）。这一与联盟党的合作在2002年崩溃瓦解，导致了提前选举和与吉姆·安德顿领导的改革党的联合（2002年，并获得了来自联合未来党的国会席位支持和信心，以及绿党的'善意'）。到了2005年，与改革党的联合执政重新进行了调整，通过许诺给予支持的党派内阁以外的部长级职位后，劳工党获得了新西兰第一党和联合未来党的支持和信心。

　　重要成就

　　海伦·克拉克作为国家总理已经目睹了纽西兰许多年来不曾见过的高度的经济增长。在2005年选举时，新西兰拥有所有工业国家最低的失业率（3.6%）。克拉克被广泛认为是自从新西兰使用了笨拙的新混合国会会员比例（MMP)代表选举系统以来，创建了稳定的政府。

　　国际关系

　　在她的领导下，新西兰制订了果敢的外交政策，保持无核状态（代价也许是与美国的自由贸易协议）和拒绝在没有联合国的批准下加入对伊拉克的入侵行动便是证明。

　　批评

　　在2000年，劳工党国会议员克里斯·卡特尔（Chris Carter）调查她的一名内阁同僚，毛利事务部长多维尔·萨缪尔斯（Dover Samuels）的背景。卡特尔在彼特·耶利奇的留言机上留下一条讯息，询问关于萨缪尔斯的资料。当留言机上的信息在媒体上被公布后，克拉克对耶利奇进行人身攻击，把他叫做一名谋杀犯。而耶利奇此前曾被判有杀人罪，于是他将克拉克以诽谤诬蔑罪名告上法庭。克拉克使用了公家的钱与耶利奇先生在法庭上解决了问题。在一份新闻稿中，行动党党魁理查德·普瑞博称这一解决方案是2万新币（相当于约11万人民币）的对于诽谤诬蔑的赔偿，和3万5千新币（相当于约20万人民币）的保密费。

　　克拉克在一个慈善义卖上在一位她的工作人员画的油画上签上了自己的名字。在被披露出这幅画不是她亲手所绘后，一位工作人员将油画撤下并且捣毁。

　　最广为人知的事件发生在2004年，负责护卫她的警察、外交护卫队和部长服务人员在从提玛鲁（Timaru）赶往基督城机场的行列前进中，超速行驶达172公里／小时，以保证克拉克能够及时地赶到并参加在惠灵顿举行的橄榄球比赛。结果一些警察和部长的服务人员被判定为驾车违章。克拉克为她自己开脱，说她当时并不知道车辆超速，她也没有在超速这一决定上做出任何影响或是决定。然而一位目击证人在法庭上作证时，描述当时的克拉克浏览着四周的风景，显得很享受当时的旅程。

　　自几个月前起，有人开始对克拉克有可能的双重标准问题提出了批评：当她的部长面临不适当的行为嫌疑指控时她挺身为其说话（特别是David Benson-Pope），而当其他的部长（如Lianne Dalziel和Taito Phillip Field）面临类似问题时，她却不提供来自其总理身份的帮助。